Berawal dari sebuah sekolah dasar berbasis Tahfidzul Qur'an yang didirikan oleh Yayasan Al-Khawarizmi pada tahun 2017, SDTQ Al-Khawarizmi hadir dengan tujuan mulia untuk mengintegrasikan pendidikan umum, penguatan tahfidz Al-Qur'an, dan literasi teknologi informasi (IT). Sejak awal berdirinya, sekolah ini dirancang sebagai lingkungan belajar yang unggul, modern, dan berkarakter Islami.

Pada tahun 2023, Yayasan Al-Khawarizmi secara resmi menghibahkan SDTQ Al-Khawarizmi kepada Persyarikatan Muhammadiyah sebagai bentuk ikhtiar memperluas manfaat pendidikan Islam yang lebih terstruktur dan berkelanjutan. Langkah penting ini memperkokoh tata kelola sekolah sekaligus menguatkan pelayanan pendidikan yang berkualitas. 

Kemudian, pada tahun 2025, sekolah ini berganti nama menjadi SDTQ Muhammadiyah Al-Khawarizmi dan telah resmi tercatat sebagai Amal Usaha Muhammadiyah (AUM) di bawah naungan Pimpinan Ranting Muhammadiyah Cinere. Perubahan ini menghadirkan semangat baru untuk membangun lembaga pendidikan Qur'ani yang adaptif, inovatif, dan relevan dengan kebutuhan zaman. 

Dengan basis Al-Qur'an dan As-Sunnah, SDTQ Muhammadiyah Al-Khawarizmi berkomitmen mencetak generasi Qur'ani yang berkarakter Islami, berwawasan luas, cakap teknologi, dan memiliki kecerdasan logika serta numerasi yang kuat. Lulusannya tidak hanya memiliki hafalan Al-Qur'an yang kokoh, tetapi juga kemampuan matematika dan pemikiran sistematis sebagaimana warisan ilmuwan besar Al-Khawarizmi.